流域水環(huán)境綜合治理中存在以下水利科學(xué)問(wèn)題：
（1）流域河流、湖庫(kù)、濕地系統(tǒng)宏觀格局與支撐能力
（2）河流縱橫形態(tài)的生態(tài)影響規(guī)律
（3）流域不同尺度河流連通和生態(tài)基流維持
（4）不同水動(dòng)力條件下污染物輸移過(guò)程和生態(tài)效應(yīng)
（5）流域污染物容量總量控制和科學(xué)增容強(qiáng)凈
（6）水資源生態(tài)配置與節(jié)水減污社會(huì)建設(shè)
（7）農(nóng)田溝渠生態(tài)化與生態(tài)型灌區(qū)建設(shè)
（8）河道硬質(zhì)化的生態(tài)效應(yīng)及改進(jìn)和修復(fù)技術(shù)
（9）防洪堤壩安全穩(wěn)定與生態(tài)化協(xié)同技術(shù)
（10）水利工程與生態(tài)工程協(xié)同建設(shè)、運(yùn)行和管理
（11）河流水生植物修復(fù)對(duì)行洪能力影響規(guī)律及對(duì)策
（12）調(diào)水引流和水力調(diào)控的科學(xué)原理與生態(tài)風(fēng)險(xiǎn)
流域水環(huán)境綜合治理的是我國(guó)水利發(fā)展的迫切需求，水利部門在流域水環(huán)境綜合治理中具有重要地位，應(yīng)肩負(fù)起流域水環(huán)境綜合治理的主要責(zé)任，在認(rèn)真研究和回答流域水環(huán)境綜合治理中存在的基本水利科學(xué)問(wèn)題的基礎(chǔ)上，科學(xué)進(jìn)行流域水系和水環(huán)境綜合治理規(guī)劃，合理構(gòu)建流域水環(huán)境綜合治理的技術(shù)體系，為改善流域水環(huán)境、保障社會(huì)經(jīng)濟(jì)可持續(xù)發(fā)展發(fā)揮出重要作用。
